А точно на крыс аллергия? Не на наполнитель, к примеру, не на что-то другое? Какие пробы делали? А то у нас (и у вас) врачи любят списывать любые аллергии на животных.
Что можно сделать, пока крысы пристраиваются (в идеале - чтобы их не пристраивать, но это уже вам виднее) - убрать клетку из комнаты, где ребенок спит. Клетка, насколько я поняла по фото, очень небольшая - а чем меньше клетка, тем сильнее запах. Из клетки бы убрала все потенциальные аллергены, хотя у вас, я смотрю, там и так пеленки. Влажная уборка в помещении как минимум раз в день, проветривать хорошо. Вроде ерунда, а эффект есть.
Лапку покажите в разделе Ветеринария - как на мой сугубо дилетантский взгляд, похоже не на натоптыш, а на артрит. Но там вам лучше подскажут - и что это, и чем лечить.
А парни замечательные.