Попробуйте всё же убрать наполнитель и накидать на дно клетки салфетки или туалетную бумагу. Белые, без рисунка и отдушек. Заварите эхинацею (это трава), добавьте туда капельку (буквально) мёда, и налейте на ночь в поилку.
Дышит крыса не тяжело, без звуков? Врач её слушал? Вообще-то бывают такие звери, которые чихают всю жизнь, оставаясь при этом здоровыми. Но пока попробуйте сделать так.