Наведение установки занимает примерно 2-3 часа. Крысу обездвиживают, сажают в установку, и делают набор рентгеновских снимков. Дальше оператор берет второй набор снимков или МРТ, на котором оконтурена опухоль, и совмещает их с изображениями на установке. Затем переносится на установку контур опухоли, и задается количество излучения, которое надо дать. После этого установка долго и нудно, примерно 2 часа, считает, в каком направлении и с какой скоростью надо выпускать протоны, чтобы обработать всю опухоль, и при этом не залезть, куда не надо. На экране в это время идет мультик: видно, как оконтуренная опухоль постепенно заполняется цветом, обозначающим поражение излучением. Ну а когда расчеты сделаны, дальше все просто: кнопка «Начать облучение», и через 5 секунд все уже сделано.
Но это при условии, что за время расчета, а это примерно 2 часа, крысь не пошевелилась. Если она сдвинулась хотя бы на миллиметр - вся процедура начинается сначала.